Im Juli 1631 wurde die Burg Angern im Rahmen einer gezielten Strafaktion kaiserlicher Truppen unter Heinrich von Holk, einem berüchtigten Anführer, der nach seinem Eintritt in kaiserliche Dienste protestantisch geprägte Gebiete hart traf, schwer zerstört. Der achtgeschossige Bergfried diente als Zufluchtsort für zahlreiche Menschen aus umliegenden Orten, „wo in dem 30jährigen Krieg sich viele fremde Örter hin salviret“ (Rep. H Nr. 444), was seine soziale und militärische Bedeutung unterstrich. Trotz traditioneller Verteidigungsmaßnahmen wie Ziehbrücken, Vorratslager und Schießscharten konnte die kleine Besatzung dem schnellen, mobilen Angriff Holkscher Reitereinheiten nichts entgegensetzen. Die Hauptburg, inklusive Palas, Ringmauer und Bergfried, konnte dem Angriff mit Musketen und Brandmitteln nicht standhalten und wurde bis auf die Palas-Gewölbe im Erdgeschoss, das Erdgeschoss es Bergfrieds und angrenzender Gewölbe auf der Turminsel weitgehend zerstört wurde. Eine Quelle berichtet von zahlreichen menschlichen Überresten, Kugeln und Kriegsausrüstung,
„worinnen man wie auch im Hofe viele tote Körper gefunden, auch Kugeln und Kriegs-Arematouren“ (ebd.),
was die Heftigkeit der Gefechte belegt. Die Zerstörung war Teil einer systematischen Strategie, wie es heißt:
„…daß es zu Bataille und blutigem Gefecht gekommen sei“ (ebd.).
Die Angriffe dienten der militärischen Schwächung protestantischer Territorien im Vorfeld der schwedischen Offensive, der materiellen Versorgung der Truppen durch Plünderungen sowie der psychologischen Einschüchterung der Bevölkerung. Die nachhaltigen Schäden anBefestigungsanlagen und Infrastruktur führten zu einem tiefgreifenden Wandel in den Herrschaftsverhältnissen der Altmark nach dem Krieg.
Nachdem die Burg, sämtliche Gutsgebäude, das gesamte Dorf und die Kirche anno 1626 während des Dreißigjährigen Krieges mehrfach in Flammen aufgingen und stark verwüstet wurden, lag Angern bis Kriegsende wüst.
Das Gut blieb jedoch bis 1738 im Besitz des älteren Zweigs der Familie von der Schulenburg, wobei die Besitzer zumeist nicht in Angern lebten und das Gut von einem Amtmann verwaltet wurde.
Von den verheerenden Kriegsschäden erholte sich der Ort Angern nur langsam. Zeitweise wird berichtet, dass „keine einzige Seele vor Ort“ lebte, was auf eine völlige Entvölkerung hindeutet. Aufgrund des Mangels an Arbeitskräften war eine Ackerbestellung praktisch unmöglich, was die wirtschaftliche Grundlage des Ortes nachhaltig zerstörte. Auch umliegende Orte wie Wenddorf, Schricke und Kehnert wurden in ähnlicher Weise von den Soldaten General Fuchs vollständig niedergebrannt, wodurch das gesamte regionale Gefüge stark beeinträchtigt wurde (vgl. Dorfchronik Angern, Brigitte Kofahl).
Diese Katastrophe traf Henning (III) von der Schulenburg, der in Angern wohnte, besonders hart und verschärfte die Herausforderungen der Wiederaufbau- und Verwaltungsarbeit. Nach ihm waren Heinrich (XI) (1621–1691), Matthias Daniel (1653–1713), Friedrich August (1672–1718) und Heinrich Hartwig (1677–1734) Besitzer von Schloss Angern. Zwischen 1693 und 1723 gehörte auch das Lehngut Mahlwinkel zum Besitz.
Zur wirtschaftlichen Bedeutung von Angern vor dem Krieg und den Folgen für die Marktrechte heißt es in den Quellen:
„Angern hat vordem auch Jahr- und Wochenmarkt gehalten, und ist durch den Brand so ruinieret, daß solches rückständig geblieben und eingegangen.“ (Gutsarchiv Angern, Rep. H Nr. 444)
Dieser Verlust der Marktrechte war ein einschneidendes ökonomisches Ereignis, da Jahr- und Wochenmärkte für die Versorgung, den Handel und die soziale Vernetzung in der Region von großer Bedeutung waren. Das Erlöschen dieser Märkte durch den Brand und die kriegsbedingte Zerstörung bedeutete nicht nur einen wirtschaftlichen Rückschlag, sondern auch einen gesellschaftlichen Bedeutungsverlust Angerns.
Laut einem Dienstbuch des Gutes aus 1674 gehörten zu dieser Zeit sechs dienstbare Kossatenhöfe in Angern zur Vergunst. Die Besitzer waren Heinrich Schmidt (Schulze), Heinrich Patze, Hans Bauer, Claus Cöppe und Hans Heinrich Triesmann. Ein weiterer Hof, der Carsten Müller gehört hatte, war zu der Zeit unbewohnt. 1676 übernahm Andreas Ritztorff den Hof, der weiterhin als "Müllers Haus" bezeichnet wurde. Die Kossaten leisteten Handdienste: zwei Tage pro Woche, während der Erntezeit drei Tage. Zusätzlich mussten sie Harker und Binder stellen, während das Gut eigenes Gesinde und Tagelöhner beschäftigte. Freie Untertanen waren ebenfalls zu Handdiensten verpflichtet und erhielten Verpflegung, darunter warme Mahlzeiten und Bier.
Im Winter wurden Holz geschlagen, Lehmwände in Wohnungen und Ställen erneuert sowie Zäune aus Haselruten gebaut. 1677 wurde eine neue Scheune gebaut, nachdem die alte im Winter eingestürzt war. Dabei wurden Eichen aus dem Ramstedter Forst genutzt, und alle verfügbaren Männer halfen beim Bau.
Während des Spanischen Erbfolgekriegs (1701–1714) war die verbliebene Burganlage in Angern auch im frühen 18. Jahrhundert von militärstrategischer Bedeutung. Im Jahr 1705 wurde ein Detachement des K.u.k. Böhmischen Dragoner-Regiments "Graf Paar" Nr. 2 zur Verteidigung der Anlage und zur Sicherung des umliegenden Gebiets abgestellt. Dragoner waren berittene Truppen, die sowohl als leichte Kavallerie für Aufklärung und schnelle Angriffe als auch für den Kampf zu Fuß eingesetzt wurden. Die Stationierung einer solchen Einheit in Angern verdeutlicht, dass die Burg noch immer eine wichtige Rolle in der regionalen Verteidigungs- und Kontrollstruktur innehatte. Diese Maßnahme fiel in eine Zeit, in der der Spanische Erbfolgekrieg ganz Europa erfasste und zahlreiche territoriale Konflikte im Heiligen Römischen Reich mit lokalen Machtverschiebungen einhergingen. Die militärische Präsenz in Angern sollte nicht nur die Burg selbst schützen, sondern auch wichtige Verkehrswege und Nachbargebiete überwachen, die im Krieg von strategischer Bedeutung waren. Die Entscheidung, Teile des Dragoner-Regiments „Graf Paar“ in Angern zu stationieren, lässt sich somit als Ausdruck der fortdauernden Bedeutung der Burg als militärisches und administratives Zentrum interpretieren, das auch nach den schweren Zerstörungen des Dreißigjährigen Krieges eine zentrale Rolle in der Herrschaftsstruktur der Region spielte.
